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La prise de hautes doses de vitamine B3 à des fins thérapeutiques doit se faire sous suivi médical à cause des nombreux effets indésirables rapportés et des nombreuses interactions médicamenteuses possibles. Des tests sanguins permettant d'évaluer la fonction hépatique du patient doivent être faits régulièrement.
A forte dose elle entraîne fréquemment des bouffées congestives (vasodilatation), particulièrement au visage et au cou, de malaises gastriques, de démangeaisons et de maux de tête.
Des doses quotidiennes de plus de 1 000 mg de niacine par jour peuvent parfois provoquer une augmentation transitoire des enzymes hépatiques, un signe de toxicité pour le foie, mais ce point est très controversé.
La niacinamide ne provoque pas de bouffées congestives, mais peut être toxique pour le foie. Les résultats de certains essais indiquent que la prise de niacine peut faire augmenter le taux de glucose sanguin et augmenter la résistance à l’insuline.
