Différences entre versions de « Biologie systémique »

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* Le terme « système »
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* Le terme « système » vient du grec '''sustêma''' qui signifie ensemble. Un système est un ensemble d’entités interagissant ou interdépendantes, abstraites ou concrètes, dont l’union forme un tout.  
vient du grec '''sustêma'''
 
qui signifie ensemble.
 
Un système est
 
un ensemble d’entités
 
interagissant ou
 
interdépendantes,
 
abstraites ou concrè-
 
tes, dont l’union forme
 
un tout. En biologie,
 
une certaine confusion
 
règne autour de
 
cette définition car
 
l’échelle d’étude d’un
 
système peut luivaloir
 
ou non l’appellation
 
« système » selon
 
l’opinion de celui qui
 
le considère. En fait,
 
il n’y a pas de limite
 
théorique à la taille d’un système : libre à chacun
 
de définir les bornes le délimitant de son environnement. Ainsi, un facteur de transcription
 
régulant sa propre expression
 
constitue un système, de la même
 
façon que l’ensemble des molécules
 
d’une cellule, l’ensemble des cellules
 
d’un organisme, ou encore l’ensemble
 
des individus d’une population.
 
Différents systèmes peuvent être étudiés
 
à partir des mêmes entités si l’on
 
considère un type d’interaction plutôt
 
qu’un autre. La population d’une ville
 
peut être vue soit comme un ensemble
 
d’individus partageant des relations
 
économiques, des engagements
 
matrimoniaux ou encore des maladies
 
contagieuses, soit comme trois systè-
 
mes distincts. Un système peut aussi
 
intégrer des composants hétérogè-
 
nes, tel un écosystème comprenant
 
à la fois des proies, des prédateurs
 
et des ressources naturelles. Enfin,
 
des composants et des interactions
 
de natures différentes et traversant
 
plusieurs échelles peuvent former un
 
système unique.
 
  
{{@}} Bref historique:
 
Les origines de la biologie systémique
 
remontent aux années 1950, lorsque
 
C. H. Waddington établit le concept
 
de « paysage épigénétique ». Il
 
imagine les cellules passer d’un état
 
de différenciation à l’autre en suivant
 
un trajet dicté par la forme d’un paysage
 
constitué de monts et de vallées
 
(Figure 1B, panneau supérieur), paysage
 
lui-même créé par les interactions
 
entre gènes (les « piliers » du panneau
 
inférieur de la Figure 1B). Cette vision
 
de la cellule comme système évoluant
 
d’état en état s’inspire des travaux de
 
M. Delbrück, F. Jacob et J. Monod
 
qui, après la Seconde Guerre mondiale,
 
introduisent la notion de système
 
en biochimie, comme
 
un mécanisme susceptible d’expliquer
 
le mystère de la différenciation : comment
 
des cellules au génome identique
 
peuvent-elles exprimer des formes et
 
des propriétés aussi différentes que celles d’un lymphocyte et d’un myocarde ? Ils proposent
 
de voir les enzymes et leurs substrats comme les
 
composants de circuits dynamiques, dont les exemples
 
les plus simples sont les boucles de rétroaction
 
négatives et positives. Dans le cas d’une boucle
 
négative, l’augmentation du niveau d’un élément
 
entraîne la diminution de son taux de production, ce
 
qui a pour résultat une stabilisation de sa production
 
et de son abondance, à la manière d’un thermostat.
 
Une boucle positive en revanche a l’effet inverse, et
 
donne lieu à deux scénarios opposés : si la boucle est
 
enclenchée, l’élément encourage sa propre production,
 
sinon il n’est pas produit. Ce type de circuits
 
moléculaires et d’autres plus complexes ont depuis
 
été très étudiés théoriquement, notamment par
 
R. Thomas et ses collègues. La réalité de ces systèmes
 
a été démontrée expérimentalement dès la fin
 
des années 1950 avec l’exemple de l’opéron lactose
 
inductible de A. Novick et M. Weiner chez la bactérie
 
E. coli, puis à de multiples reprises au cours des
 
cinquante dernières années, ce qui a permis à la
 
biologie systémique de s’affirmer aujourd’hui comme
 
discipline à part entière.
 
  
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{{@}} '''Bref historique''':
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: Les origines de la biologie systémique remontent aux années 1950, lorsque C. H. Waddington établit le concept de « paysage épigénétique ». Il imagine les cellules passer d’un état de différenciation à l’autre en suivant un trajet dicté par la forme d’un paysage constitué de monts et de vallées (Figure 1B, panneau supérieur), paysage lui-même créé par les interactions entre gènes (les « piliers » du panneau inférieur de la Figure 1B). Cette vision de la cellule comme système évoluant d’état en état s’inspire des travaux de M. Delbrück, F. Jacob et J. Monod qui, après la Seconde Guerre mondiale, introduisent la notion de système en [[biochimie]], comme un mécanisme susceptible d’expliquer le mystère de la différenciation : comment des cellules au [[génome]] identique peuvent-elles exprimer des formes et des propriétés aussi différentes que celles d’un lymphocyte et d’un myocarde ? Ils proposent de voir les [[enzymes]] et leurs substrats comme les composants de circuits dynamiques, dont les exemples les plus simples sont les [[boucles de rétroaction]] négatives et positives. Dans le cas d’une boucle négative, l’augmentation du niveau d’un élément entraîne la diminution de son taux de production, ce qui a pour résultat une stabilisation de sa production et de son abondance, à la manière d’un thermostat. Une boucle positive en revanche a l’effet inverse, et donne lieu à deux scénarios opposés : si la boucle est enclenchée, l’élément encourage sa propre production, sinon il n’est pas produit. Ce type de circuits moléculaires et d’autres plus complexes ont depuis été très étudiés théoriquement, notamment par R. Thomas et ses collègues. La réalité de ces systèmes a été démontrée expérimentalement dès la fin des années 1950 avec l’exemple de l’opéron lactose inductible de A. Novick et M. Weiner chez la bactérie E. coli, puis à de multiples reprises au cours des cinquante dernières années, ce qui a permis à la biologie systémique de s’affirmer aujourd’hui comme discipline à part entière.
 
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Version du 17 avril 2018 à 12:24


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  • Le terme « système » vient du grec sustêma qui signifie ensemble. Un système est un ensemble d’entités interagissant ou interdépendantes, abstraites ou concrètes, dont l’union forme un tout.



Blue-circle-target.png Bref historique:

Les origines de la biologie systémique remontent aux années 1950, lorsque C. H. Waddington établit le concept de « paysage épigénétique ». Il imagine les cellules passer d’un état de différenciation à l’autre en suivant un trajet dicté par la forme d’un paysage constitué de monts et de vallées (Figure 1B, panneau supérieur), paysage lui-même créé par les interactions entre gènes (les « piliers » du panneau inférieur de la Figure 1B). Cette vision de la cellule comme système évoluant d’état en état s’inspire des travaux de M. Delbrück, F. Jacob et J. Monod qui, après la Seconde Guerre mondiale, introduisent la notion de système en biochimie, comme un mécanisme susceptible d’expliquer le mystère de la différenciation : comment des cellules au génome identique peuvent-elles exprimer des formes et des propriétés aussi différentes que celles d’un lymphocyte et d’un myocarde ? Ils proposent de voir les enzymes et leurs substrats comme les composants de circuits dynamiques, dont les exemples les plus simples sont les boucles de rétroaction négatives et positives. Dans le cas d’une boucle négative, l’augmentation du niveau d’un élément entraîne la diminution de son taux de production, ce qui a pour résultat une stabilisation de sa production et de son abondance, à la manière d’un thermostat. Une boucle positive en revanche a l’effet inverse, et donne lieu à deux scénarios opposés : si la boucle est enclenchée, l’élément encourage sa propre production, sinon il n’est pas produit. Ce type de circuits moléculaires et d’autres plus complexes ont depuis été très étudiés théoriquement, notamment par R. Thomas et ses collègues. La réalité de ces systèmes a été démontrée expérimentalement dès la fin des années 1950 avec l’exemple de l’opéron lactose inductible de A. Novick et M. Weiner chez la bactérie E. coli, puis à de multiples reprises au cours des cinquante dernières années, ce qui a permis à la biologie systémique de s’affirmer aujourd’hui comme discipline à part entière.

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