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* Journal of Researches into the Geology and Natural History of the Various Countries by H.M.S. Beagle, Londres, Henry Colburn, 1839, 614 pp. [2e édition : 1845 ; 167 éditions et tirages en langue anglaise jusqu’en 1972].
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* The Structure and Distribution of Coral Reefs. Being the First of the Geology of the Voyage of the Beagle, under the Command of Capt. Fitzroy, during the Years 1832 to 1836, Londres, Smith, Elder and Co., 1842 [2e édition : 1874 ; 3e édition : 1889].
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* Geological Observations on the Volcanic Islands Visited during the Voyage of H.M.S. Beagle, together with some Brief Notices of the Geology of Australia and the Cape of Good Hope, Londres, Smith, Elder and Co., 1844 [2e édition : 1876 ; 3e : 1891].
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* Geological Observations on South America, Londres, Smith, Elder and Co., 1846.
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* Geological Observations on Coral Reefs, Volcanic Islands and on South America, Londres, Smith, Elder and Co., 1851. Reprise des textes de 1842, 1844 et 1846. Rééditions souvent abrégées.
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* A Monograph of the Sub-Class Cirripedia, with Figures of all the Species, vol. I : The Lepadidae, Londres, The Ray Society, 1851.
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* A Monograph of the FossIl Lepadidae, or Pedunculated Cirripedes of Great Britain, vol. II, The Balanidae (or Sessile Cirripedes), Londres, The Ray Society, 1854.
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* « On the Tendency of Species to Form Varieties, and on the Perpetuation of Varieties by Natural Means of Selection » (avec A.R. Wallace) dans Journal of Proceedings of the Linnean Society of London (Zoology), vol. III, no 9, 1er juillet 1858, p. 1-62.
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* On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life, Londres, John Murray, 24 novembre 1859, consultable en ligne [archive].
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* On the Various Contrivances by which British and Foreign Orchids are Fertilised by Insects, and on the Good Effects of Intercrossing, Londres, John Murray, 1862, 2e éd. : 1877, consultable en ligne [archive].
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* On the Movements and Habits of Climbing Plants, Londres, Longman, 1865 [2e éd. : 1875].
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* « Queries about Expression », 1867. Article publié par R.B. Freeman et P. J. Gautrey, « Charles Darwin’s Queries about Expression » dans Bulletin of the British Museum of Natural History, vol. 4, 1972, p. 205-219.
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* The Variation of Animals and Plants under Domestication, Londres, John Murray, 2 volumes, 1868 [2e éd. : 1875] Traduction De la variation des animaux et des plantes à l'état domestique, C. Reinwald (Paris), 1880. Disponible en ligne sur IRIS [archive].
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* The Descent of Man, and Selection in Relation to Sex, Londres, John Murray, 2 volumes, 1871 [2e éd. : 1874 avec une note additionnelle de Th. Huxley].
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* Pangenesis » dans Nature, vol. 3, 27 avril 1871, Proceedings of the Royal Society, vol. 19, p. 393-410.
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* The Expression of the Emotions in Man and Animals, Londres, John Murray, 1872 [2e éd. : (par Francis Darwin) en 1890].
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* Origin of Certain Instincts » dans Nature, vol. 7, 3 avril 1873, p. 417-418.
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* Insectivorous Plants, Londres, John Murray, 1875 [2e éd. : 1888, revue par Francis Darwin].
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* The Effects of Cross and Self-Fertilisation in the Vegetable Kingdom, Londres, John Murray, 1876 [2e éd. : 1878].
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* « Report of the Royal Commission on the Pratice of Subjecting Live Animals to Experiments for Scientific Purposes », Londres, Her Majesty’s Stationery Office, 1876, p. 234, 4 662-4 672.
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* The Different Forms of Flowers on Plants of the Same Species, Londres, John Murray, (9 juillet) 1877 [2e éd. : 1878 ; 3e éd. : 1880, avec une préface de Francis Darwin].
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* « A Biographical Sketch of an Infant », Mind, vol. 2, juillet 1877, p. 285–294. [Trad. française dans la Revue scientifique, vol. 13, 1877, p. 25-29].
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* « Preliminary Notice », dans E. Krause, Erasmus Darwin, Londres, John Murray (ouvrage traduit de l’allemand), 1879.
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* The Power of Movement in Plants (en collaboration avec Francis Darwin), Londres, John Murray, 1880.
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* The Formation of Vegetable Mould, through the Action of Worms, with Observations on their Habits, Londres, John Murray, (10 octobre) 1881.
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* « The Action of Carbonate of Ammonia on Chlorophyll Bodies » dans Journal of the Linnean Society of London, vol. 19, 1882, p. 262-284. Communication lue par Francis Darwin le 6 mars et le 28 août 1882.
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