Cellule - Ateliers Interactifs

Ateliers Interactifs sur la cellule

Simulation informatique

Objectif

L'objectif de cette partie de l'atelier est de familiariser les étudiants avec l'utilisation de logiciels de simulation pour modéliser des processus cellulaires complexes.

Contenu

Dans cette section, les étudiants apprendront à : - Utiliser des logiciels de modélisation cellulaire tels que CellDesigner, COPASI, ou NetLogo. - Comprendre les bases de la modélisation cellulaire, y compris les types de modèles (par exemple, modèles cinétiques, modèles basés sur des agents) et les types de données utilisés. - Manipuler les paramètres des modèles pour observer les effets sur le fonctionnement cellulaire. - Interpréter les résultats de simulations et les comparer avec des données expérimentales lorsque cela est possible.

Exemples

Des exemples de simulations qui pourraient être abordées incluent : - La modélisation de réseaux de régulation génétique pour comprendre comment les gènes interagissent dans des voies biologiques spécifiques. - La simulation de réseaux métaboliques pour étudier les flux de métabolites et l'impact des perturbations sur le métabolisme cellulaire. - La modélisation de la croissance cellulaire pour explorer comment les cellules se divisent et se différencient en fonction de différents paramètres environnementaux et génétiques.

Utilisation de logiciels de modélisation cellulaire

Objectif

Cette partie de l'atelier vise à approfondir la compréhension des étudiants sur les logiciels spécifiques utilisés pour la modélisation cellulaire.

Contenu

Dans cette section, les étudiants découvriront : - Les fonctionnalités principales des logiciels de modélisation cellulaire, telles que la création de modèles, l'analyse de sensibilité, l'optimisation de paramètres, etc. - Les différentes approches de modélisation prises en charge par chaque logiciel, ainsi que leurs avantages et inconvénients respectifs. - Des exemples de projets de recherche ou d'applications pratiques où ces logiciels ont été utilisés avec succès. - Les ressources disponibles pour apprendre à utiliser efficacement ces logiciels, telles que des tutoriels en ligne, des forums de discussion, etc.

Exemples

Des exemples de logiciels de modélisation cellulaire qui pourraient être explorés comprennent : - CellDesigner : un outil graphique pour la modélisation des réseaux de régulation biologique. - COPASI : un environnement de modélisation et de simulation pour l'analyse quantitative de réseaux biochimiques et cellulaires. - NetLogo : un environnement de modélisation multi-agents et basé sur des règles pour explorer des phénomènes émergents dans des systèmes biologiques et écologiques.