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*1965 Margaret Dayhoff et al. : Première compilation de protéines ("Atlas of Protein Sequences").
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*L'acquisition des données biologiques
*1967 Article : "Construction of Phylogenetic Trees" - Fitch & Margoliash
+
** les séquences nucléotidiques et les séquences polypeptidiques
*1970 Algorithme pour l'alignement global de séquences : Saul Needleman & Christian Wunsch
+
** les gels bidimensionnels et les différentes méthodes de spectromètrie de masse (protéomique)
*1971 Premier microprocesseur Intel 4004
+
** les données de puce à ADN
*1972 Clonage de fragments d'ADN dans un virus, l'ADN recombiné : Paul Berg, David Jackson, Robert Symons
+
** les données de structures tridimensionnelles
*1973 Découverte des enzymes de restriction qui coupe spécifiquement l'ADN.
+
** l'uniformisation - standardisation des (formats de) données
Méthode de transfection (introduction d'un ADN étranger) des cellules eucaryotes grâce à un virus (vecteur).
+
*Bases ou banques de donnés & internet
*1974 Programme de prédiction de structures secondaires des protéines : "Prediction of Protein Conformation" - Chou & Fasman.
+
** stocker, trier, organiser, corriger et annoter les données
Vint Cerf et Robert Khan développent le concept des réseaux reliant des ordinateurs au sein d'un « internet » et développent deux protocoles fondamentaux "Transmission Control Protocol" (TCP) et "Internet Protocol" (IP).
+
** développer des protocoles de communication interactive
*1977 Développement des micro-ordinateurs accessibles à tous
+
** gérer la diversité des formats des fichiers pour optimiser les échanges de données
Techniques de séquençage d'ADN : Frederick Sanger / Maxam & Gilbert
+
 
*1978 - 1980 Mutagénèse dirigée : Michael Smith
 
Séquençage du 1er génome à ADN, le bactériophage phiX174 : Frederick Sanger
 
Premières bases de données : EMBL, GenBank, PIR
 
Accès téléphonique à la base de données PIR
 
*1981 : 370.000 nucléotides GenBank : 270 séquences Micro-ordinateur IBM-PC 8088 Programme d'alignement local de séquences : Temple Smith & Michael Waterman
 
* 1983 IBM-XT disque dur (10 Mb)
 
* 1984 Amplification de l'ADN : réaction de polymérisation en chaîne (PCR - Karry Mullis) MacIntosh : interface graphique & souris
 
* 1985 "FASTA" : Programme d'alignement local de séquences - David Lipman & William Pearson
 
* 1987 Nouveau vecteur permettant de cloner des fragments d'ADN 20 fois plus grands : le YAC (Yeast Artificial Chromosome) qui rend possible le séquençage de grands génomes.
 
* 1988 Taq polymérase, enzyme thermostable pour la PCR. Création du "National Centre for Biotechnology Information" (NCBI).
 
* 1989 INTERNET succède à ARPANET
 
* 1990 Clonage positionnel et premier essai de thérapie génique. "BLAST" : Programme d'alignement local de séquences - Altschul et al.
 
* 1991 "Expressed Sequences Tags" (EST) : méthode rapide d'identification des gènes (C. Venter).
 
* 1992 Séquençage complet du chromosome III de levure
 
* 1993 "European Bioinformatics Institute" (EMBL). Création à terme du "European Bioinformatics Institute" (EMBL - EBI).
 
* 1995 Analyse du transcriptome : début des puces à ADN
 
* 1996 Séquençage complet de la levure (consortium européen).
 
* 1997 11 génomes bactériens séquencés Evolutions de BLAST : "Gapped BLAST" et "PSI-BLAST"
 
* 1998 Séquençage de 2 millions de nucléotides par jour.Interférence ARN
 
* 2000 Séquençage du 1er génome de plante : Arabidopsis thaliana
 
* 2001 Séquence "premier jet" complète du génome humain
 
* Années 2000 Epigénétique : développement de technologies d'analyse des modifications de l'ADN et des histones.
 
** Accès aux revues et journaux scientifiques : développement de l'"open access".
 
** Montée en puissance de la biologie synthétique.
 
* 2007 - 2008 Avènement des nouvelles technologies de séquençage à très haut débit, dites de seconde génération et maintenant de 3è génération.
 
** Prise de conscience du phénomène "big data" (pas seulement en biologie) qui devient peu à peu une discipline scientifique.
 
** Détermination de structures de systèmes biologiques de plus en plus complexes (ribosomes, spliceosome, virus, ...) - cryo-microscopie électronique et autres techniques ("femtosecond pulses / X-ray free-electron laser")
 
* Décembre 2015 :
 
** > 1.363 milliards de nucléotides
 
** > 189 millions séquences nucléotidiques
 
** Plus de 18.900 génomes eucaryotes et procaryotes séquencés et des milliers en cours de séquençage (Genomes OnLine).
 
 
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Version du 14 avril 2018 à 00:32


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  • L'acquisition des données biologiques
    • les séquences nucléotidiques et les séquences polypeptidiques
    • les gels bidimensionnels et les différentes méthodes de spectromètrie de masse (protéomique)
    • les données de puce à ADN
    • les données de structures tridimensionnelles
    • l'uniformisation - standardisation des (formats de) données
  • Bases ou banques de donnés & internet
    • stocker, trier, organiser, corriger et annoter les données
    • développer des protocoles de communication interactive
    • gérer la diversité des formats des fichiers pour optimiser les échanges de données

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