Microbiologie

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  • La microbiologie est une branche spécialisée de la biologie, la science qui étudie les organismes microscopiques, les micro-organismes, souvent pour déterminer un germe ou une bactérie, un virus, etc. La microbiologie s'intéresse aux cellules, unicellulaires (cellule unique), multicellulaires (colonie de cellules), ou acellulaires (dépourvue de cellule). Cette science englobe de nombreuses sous-disciplines, y compris la virologie, mycologie, parasitologie et bactériologie.
  • Microbiologie. Ensemble des disciplines biologiques qui traitent des organismes microscopiques, qu'ils appartiennent au règne végétal (bactéries, algues, champignons) ou au règne animal. Elle est aujourd'hui divisée en de multiples branches : bactériologie, mycologie, parasitologie et virologie.
  • C'est un domaine de science appliquées qui a pour objet les micro-organismes et les activités qui les caractérisent.
  • Plus spécifiquement ,la microbiologie se consacre à l'identification et à la caractérisation des microorganismes ;à l'étude de leur origine,leur évolution à définir leurs caractéristiques .


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  • Dès l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux transmissibles invisibles à l'œil nu.

1546 : Jérôme Fracastor impute la transmission des maladies à des germes vivants, qu'il appelait « seminaria ». 1677 : Découverte des bactéries par le microscopiste hollandais Antoine van Leeuwenhoek. 1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la première fois le terme bactérie. 1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une « théorie des germes » pour les maladies. 1857-1876 : Louis Pasteur met en évidence les rôles des micro-organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il développe les techniques de pasteurisation et de stérilisation lui permettant la mise en place de cultures pures de micro-organismes. La possibilité de culture a permis de démontrer que la génération spontanée était une aberration. 1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des maladies sont la conséquence de la présence de ces micro-organismes. Premières recherches systématiques sur l'origine de certaines maladies, ainsi que la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour la variole - maladie virale). 1873-1882 : Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis). Koch a établi les règles (toujours utilisées) qui permettent de démontrer rigoureusement qu'une bactérie donnée est à l'origine d'une infection. 1884 : Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui est la plus utilisée dans l'étude et la classification des bactéries en deux grands groupes : les bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif. 1912 : Paul Ehrlich découvre le premier traitement efficace (dérivé d'arsenic) contre la syphilis. C'est la première fois qu'on traite avec un agent chimiothérapeutique une maladie bactérienne. 1917 : Découverte des bactériophages par Frederick Twort et Félix d'Hérelle. 1928 : Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et établit les fondements de la génétique moléculaire. 1929 : Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de la pénicilline produite par Penicillum. L'humanité entre dans l'ère des antibiotiques. 1944 : Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un autre antibiotique: la streptomycine qui sera bientôt utilisée contre la tuberculose. 1960 : François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod proposent le concept d'opéron pour le contrôle de l'expression des gènes bactériens. 1977 : Carl Woese étudie l'ARN ribosomique pour découvrir une troisième forme de vie, les Archaea, distincte génétiquement des bactéries et des eucaryotes. 1986 : En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus aquaticus, Kary Mullis invente la technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La technique de PCR est devenue l'outil de base de la biologie moléculaire. 1995 : Séquençage complet du premier génome bactérien (Haemophilus influenzae) par Craig Venter et ses collègues du TIGR. La microbiologie entre dans l'ère de la génomique.


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  • La PCR (Polymérase Chain Réaction ) pour créer un gène présent uniquement chez une famille ou un genre bactérien par ré hybridation spécifique de courtes séquences d'ADN (oligonucléotides amorces )synthétiques.
  • Les puces à ADN qui utilisent le même principe mais ayant une précision allant jusqu'à la souche même
  • La spectrométrie de masse de type Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time Of Flight (MALDI-TOF) s’est développée dans les laboratoires de microbiologie clinique. Cette nouvelle technologie permet de réaliser très rapidement et à moindre coût un diagnostic d’espèce sur des colonies de bactéries ou de champignons isolés sur des milieux de culture solides.
  • Identifier les germes directement à partir de flacons d’hémocultures positifs ou à partir de certains prélèvements comme les urines.
  • La microbiologie prévisionnelle est un outil qui permet de prévoir par des modèles mathématiques l’impact de différentes conditions environnementales de température, de pH, d’activité de l’eau (Augustin et al. 2005;Membré et al. 2005), de concentration en acides organiques et en inhibiteurs (Coll Cardenas et al. 2008) et de leurs interactions éventuelles (Augustin et al. 2005) sur la croissance.
  • l’inactivation ou la survie des micro organismes (Buchanan and Whiting 1996;McMeekin et al. 1993).
  • Exemples :microbiologie médicale et pharmaceutiques.

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- Vision péjorative du microbe:

  • Tous les microbes sont mauvais

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